Από τις πρώτες κιόλας σκηνές του «Μυστικός Πράκτορας Μπέρνι: Αποστολή στον Aρη» γίνεται φανερό ότι η ταινία θέλει να λειτουργήσει ως μια ανάλαφρη διαστημική περιπέτεια για νεανικό κοινό, συνδυάζοντας χιούμορ, δράση και ένα γνώριμο μήνυμα για τη φιλία. Η ιδέα μιας αδέξιας πολικής αρκούδας που μπλέκει σε μια μυστική αποστολή προς τον Αρη έχει από μόνη της μια παιχνιδιάρικη γοητεία και αφήνει την εντύπωση ότι θα μπορούσε να οδηγήσει σε μια ευρηματική animated περιπέτεια.
Η αλήθεια όμως είναι ότι η ταινία δεν καταφέρνει πάντα να αξιοποιήσει αυτή την υπόσχεση. Ο άτυχος αρκούδος Μπέρνι τρυπώνει κρυφά ως... λαθροαρκούδος σε μια αποστολή στον Αρη, με έναν και μοναδικό στόχο: να κερδίσει επιτέλους την αποδοχή και αναγνώριση της Μυστικής Υπηρεσίας. Μαζί με τον Γαλιλαίο 13, το ρομπότ του δόκτορα Αρθουρ, ξεκινούν για να πιάσουν το διαβόητο Αρειανό Τέρας - αν και τα πράγματα δεν εξελίσσονται ακριβώς όπως τα είχαν σχεδιάσει... αφού το τέρας τους επιφυλάσσει μεγάλες εκπλήξεις. Η ιστορία ξεκινά με αρκετή ενέργεια, όμως σύντομα μοιάζει να κινείται σε γνώριμες και αρκετά προβλέψιμες αφηγηματικές διαδρομές.
Το χιούμορ επενδύει κυρίως σε σωματική κωμωδία και σε αλυσιδωτά ατυχήματα που προκαλεί ο, κατά τα άλλα, γλυκύτατος ήρωας. Κι όταν τελικά η ιστορία μεταφέρεται στον Αρη και ο Μπέρνι συναντά το πλάσμα που έχει αναλάβει να αιχμαλωτίσει, η αφήγηση προσπαθεί να αλλάξει τόνο και να στραφεί προς μια πιο συναισθηματική κατεύθυνση. Η σχέση που αναπτύσσεται ανάμεσά τους επιχειρεί να μεταφέρει το κλασικό μήνυμα της κατανόησης και της αποδοχής του διαφορετικού. Παρότι η πρόθεση είναι ξεκάθαρα θετική, η δραματουργία δεν αφιερώνει αρκετό χρόνο ώστε αυτή η εξέλιξη να αποκτήσει πραγματικό βάρος.
Στο επίπεδο της εικόνας, το animation παραμένει αξιοπρεπές αλλά σπάνια εντυπωσιακό. Τα τοπία του Αρη έχουν ορισμένες ενδιαφέρουσες πινελιές, ωστόσο ο σχεδιασμός των χαρακτήρων και η κίνηση τους θυμίζουν περισσότερο τηλεοπτική παραγωγή παρά κινηματογραφικό animation με μεγαλύτερες φιλοδοξίες.
Στο τέλος της διαδρομής, η ταινία αφήνει την αίσθηση μιας ιδέας που είχε τις προϋποθέσεις να εξελιχθεί σε κάτι πιο ζωντανό και δημιουργικό. Πίσω από τις γκάφες του πρωταγωνιστή και την διαστημική περιπέτεια κρύβεται μια ιστορία που θέλει να μιλήσει για τη φιλία και την ενσυναίσθηση, όμως ο τρόπος με τον οποίο ξεδιπλώνεται μοιάζει βιαστικός, σαν μια αποστολή που ξεκίνησε με φιλοδοξίες αλλά δεν βρήκε ποτέ πραγματικά την τροχιά της.