Οι Sonic, Knuckles και Tails ξανασυναντιούνται και συνεργάζονται ενάντια σε έναν νέο ισχυρό αντίπαλο, τον Shadow, έναν μυστηριώδη κακοποιό με δυνάμεις που δεν έχουν αντιμετωπίσει ποτέ παρόμοιες στο παρελθόν. Με τις μοναδικές τους ικανότητές, η ομάδα πρέπει να αναζητήσει μια απίθανη συμμαχία με την ελπίδα να σταματήσει τον Shadow και να προστατεύσει τον πλανήτη.
