Το Nanjing! Nanjing! διαδραματίζεται το 1937, όταν ο Ιαπωνικός Αυτοκρατορικός Στρατός καταλαμβάνει τη Ναντζίνγκ, τότε πρωτεύουσα της Κίνας. Ακολουθεί μια περίοδος μαζικής βίας και σφαγών, γνωστή ως Σφαγή της Ναντζίνγκ, κατά την οποία χιλιάδες Κινέζοι στρατιώτες και άμαχοι εκτελούνται συστηματικά ή πέφτουν θύματα ωμοτήτων. Μέσα στο χάος, ορισμένοι επιζώντες καταφεύγουν στη Διεθνή Ζώνη Ασφαλείας, που διοικείται από ξένους, αλλά ούτε εκεί είναι πλήρως προστατευμένοι από τις επιθέσεις και τις καταχρήσεις των στρατιωτών.
Η ιστορία ακολουθεί τόσο Κινέζους όσο και Ιάπωνες χαρακτήρες, δείχνοντας την ανθρώπινη πλευρά της σύγκρουσης, την επιβίωση, τον φόβο και τις ηθικές συγκρούσεις. Καθώς η βία κλιμακώνεται, πολλοί χαρακτήρες αναγκάζονται να πάρουν δραματικές αποφάσεις για να προστατεύσουν άλλους ή τον εαυτό τους, ενώ κάποιοι Ιάπωνες στρατιώτες αρχίζουν να αμφισβητούν τις πράξεις τους. Η ταινία κορυφώνεται με τραγικά γεγονότα, αλλά και με στιγμές προσωπικής λύτρωσης μέσα στο χάος του πολέμου.